Здание заложено по архиерейской грамоте, полученной в октябре 1787 г. на средства от обложения жителей г. Перми и добровольные пожертвования купцов. Наибольший вклад внес купец В.Г. Лапин, служивший в 1787-1790 гг. городским головой. 

В 1789 г. закончен нижний придел церкви, освященный в 1789 г. во имя Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста. В 1800 г. Епископом Иоанном строящаяся церковь переименована в Рождество-Богородицкую, в 1816 г. освящен верхний придел – во имя Рождества Пресвятой Богородицы. 

Церковь действовала до 1928 г. В декабре 1928 г. демонтирована колокольня, в 1933 г. купол разобран и заменен скатной кровлей. 

Здание приспособлено под общежитие для студентов сначала Индустриального, а затем Художественного техникумов. 

В 1935 году церковь передана вновь организуемому в Перми учебному заведению – Стоматологическому институту, который находился там до 1941 года.  

Позднее здесь разместился главный корпус фармацевтического института, использовавший здание до середины 2009 года (в настоящее время – Пермская государственная фармацевтическая академия). Фармацевтическое отделение при Пермском университете, образованное по инициативе Пермского губернского союза служащих фармацевтов в 1918 г., являлось первым в стране высшим учебным заведением данного профиля. Как самостоятельное учебное заведение институт создан в 1937 г. 

В 2009 г. здание передано в собственность Пермской Епархии Русской Православной Церкви.

Превосходный образец культовой архитектуры в стиле классицизма, архитектурная и градостроительная доминанта центральной части города. 

Здание связано с развитием фармацевтического образования в крае и России в целом.